מערך השירות של עין-דור כולל טכנאים מיומנים בעלי ניסיון רב בביצוע בדיקות הסמכה לחדרים נקיים בכל רמות הניקיון ולכל סוגי התעשייה, ולבצוע בדיקות הסמכה למנדפים מכל הסוגים והיצרנים. כל בדיקה מתועדת ודו"ח מסודר המכיל את התוצאות והמסקנות נשלח ללקוח. מחלקת השירות מנהלת רישום של מועדי הבדיקות אצל כל לקוח ודואגת לעדכן כחודש ימים לפני הצורך בביצוע בדיקה שוטפת ולתאם מועד מתאים לביצוע הבדיקה.

מערך השירות של עין-דור, מתמחה במתן אחזקה שוטפת וביצוע תיקונים למנדפים וחדרים נקיים, החלפת מסננים, החלפת מפוחים, שיפוץ חדרים ומנדפים, פתרון תקלות חשמל וכד'.

מחלקת הוולידציה של עין-דור מתמחה בביצוע פרוטוקולים נדרשים IQ/OQ, המתבקשים ע"י הרשויות השונות.